El primer Palacio Federal en Berna (1857).

El cantón de Berna fue uno de los tres cantones que presidieron el Tagsatzung (antiguo consejo ejecutivo y legislativo) junto con Lucerna y Zúrich. La capital del cantón fue elegida como la capital federal en 1848, principalmente debido a su cercanía con el área francófona del país.²³
La restauración del poder en Suiza fue solamente temporal. Después de un periodo de disturbios con repetidos enfrentamientos violentos, como el de Züriputsch en 1839, estalló la guerra civil en 1847 cuando algunos de los cantones católicos trataron de establecer una alianza entre ellos (Sonderbundskrieg).²¹ La guerra duró menos de un mes causando menos de cien víctimas, la mayoría de las cuales se debieron a fuego amigo. La Sonderbundskrieg parece muy pequeña comparada con otros conflictos que existieron en la Europa del siglo XIX y en la historia de la sociedad suiza.
La guerra mostró a los habitantes de Suiza la necesidad de unidad para fortalecerse ante sus vecinos europeos. Suizos de todos los estratos sociales, ya fuesen católicos, protestantes, liberales o conservadores, se percataron de que los cantones progresarían más si fusionaran sus intereses económicos y religiosos.
Así, mientras el resto de Europa se encontraba en medio de revoluciones y guerras, los suizos promulgaron una constitución más moderna, la cual daba al gobierno un diseño federal, en gran parte inspirado en el modelo estadounidense. Esta constitución impuso una autoridad central, dejando a los cantones el derecho de autogobernarse y resolver cuestiones locales. Además la asamblea nacional se dividió en una cámara alta (el Consejo de los Estados de Suiza, con dos representantes por cada cantón) y una cámara baja (Consejo Nacional de Suiza, con representantes electos de todo el país). Para introducir cambios a la constitución se volvió obligatorio realizar un referéndum.
Asimismo se implantó un sistema único de pesas y medidas, y en 1850 el franco suizo se convirtió en la única moneda oficial del país. El artículo 11 de la constitución prohibió el envío de tropas al extranjero, pero hizo una excepción con los Estados Pontificios, al no considerar mercenarios a los miembros de los ejércitos papales. En tal sentido, en en 1860 el ejército suizo fue obligado a participar al lado de Francisco II de las Dos Sicilias en el sitio de Gaeta.

Inauguración en 1882 del Túnel ferroviario San Gotardo, conectando al cantón del Tesino en el sur del país.

Una de las cláusulas más importantes de la constitución era la que establecía que podía ser reescrita completamente si la ocasión lo demandaba, de esta forma la constitución evolucionaría totalmente en lugar de ser modificada año tras año.²⁴ Esta característica de la constitución se volvió muy útil con la llegada de la Revolución industrial, cuando varios proclamaron que era hora de modificar la constitución. Un primer borrador fue rechazado por la población en 1872, pero dos años más tarde se aceptaron las modificaciones.²¹ Fue aquí cuando se introdujo un referéndum facultativo para la creación y modificación de leyes a nivel federal. También se establecieron normas que regulaban el ejército, el comercio y otras cuestiones legales. Finalmente, en 1891, la constitución fue revisada de nuevo y se implantó un inusual sistema de democracia directa, el cual sigue siendo único hasta el día de hoy.21